标签: 6mA

  • 肖传乐,一种通用6mA和5mC检测方法创建190604

    人物简介
    肖传乐,生物信息学博士,中山大学中山眼科中心副研究员,长期从事三代测序关键计算方法开发及应用研究。先后合作开发了PacBio快速组装方法(MECAT),Nanopore组装方法(NECAT)和Nanopore表观修饰检测方法(DeepMod)。本人以第一和通讯作者在Nature MethodsMolecular CellNature Communications等杂志上发表SCI论文二十余篇。

    科研进展
    2019年6月4日,肖传乐与美国宾夕法尼亚大学王凯副教授联合发表了一项研究成果,该研究为Nanopore应用于表观修饰领域提供了重要的软件工具—DeepMod,首次将5mC的准确率提高到99%,实现了5mC的精准检测;首次建立了原核和真核通用6mA和5mC检测方法;并建立了首个Nanopore真核生物6mA修饰标准集。

    参考阅读
    http://www.seqchina.cn/9805.html

  • 王凯(美国宾夕法尼亚大学副教授)

    王凯

    创业经历
    2015年初,曾于汪德鹏联合创立北京希望组生物科技有限公司,并担任公司首席科学家,后担任科学顾问委员会委员。
    2019年6月14日,工商信息显示,王凯从希望组股东会和董事会中退出,个人相关介绍及科研相关成果从希望组公司官网删除。

    科研进展
    2019年6月4日,王凯作为通讯作者在Nature Communications杂志上发表题为“Detection of DNA base modifications by deep recurrent neural network on Oxford Nanopore sequencing data”的研究论文,建立了识别Nanopore表观修饰的深度循环神经网络模型,并开发了相应的软件DeepMod。研究者采用LSTM-RNN深度循环神经网络作为深度学习框架,采取两种独立的策略利用多个Nanopore测序数据集进行训练和校正,完成了5mC和6mA检测模型的建立。

    人物简介
    王凯,美国宾夕法尼亚大学病理系副教授,费城儿童医院细胞与分子治疗中心研究员,Scientific Reports等杂志的编委,从2007年开始,陆续开发和发表了多个工具软件,在各类学术刊物上面发表论文150余篇,涵盖了复杂疾病、罕见单基因病、肿瘤、干细胞、表观遗传学和基因组学大数据分析工具等方向,引用超过25000次。尤其是在长读长(包括PacBio Sequel和Oxford Nanopore等平台)测序领域的技术权威,参与或主持了第一个亚洲人基因组的接近完成图的基因组组装,多种脊髓性脑共济失调疾病的动态突变的定量分析,面肩肱疾病的重复序列的分析,多种不同的DNA修饰和甲基化的发现与定量分析,基于长读长测序的罕见遗传病的致病性结构变异的查找,以及构建基于长读长测序的结构变异的数据库等项目。

    参考阅读
    http://www.seqchina.cn/9805.html