标签: 5hmC

  • 何川(芝加哥大学)

    学术成果
    表观遗传学领域学术贡献突出。包括了首个RNA去甲基化酶FTO、第二个RNA去甲基化酶ALKBH5,开发了DNA修饰碱基5hmC和6mA等的检测和测序方法。
    2020年4月,团队开发单链DNA测序方法——KAS-seq,KAS-seq可在全基因组范围内快速、敏感地检测和定位由转录或其他过程产生的ssDNA,且只需使用1000个细胞即可实现。该方法基于N3-kethoxal和鸟嘌呤在ssDNA中快速而特异性的反应开发。KAS-seq方法,是一种简单、低起始量、高灵敏度的ssDNA测序方法,可同时检测转录活性、增强子活性以及DNA结构变化,适用于稀有样本的转录动态变化检测。Nature Methods (2020)
    2018年,发现血液中细胞外游离DNA(cfDNA)上的5hmC可作为癌症的生物标记物。将hmC-CATCH应用于人类cfDNA的5hmC测序,首次获得了人类cfDNA的单碱基分辨率图谱,并且通过hmC-CATCH测序结果可以将癌症病人与正常人区分开。
    2014年,m6A去甲基化酶FTO(Jia et al.Nature Chemical Biology2011)和ALKBH5(Zheng et al.Molecular Cell2013)的发现,拓展和丰富了RNA m6A甲基化表观转录组学新概念与研究领域(Niu et al. GPB 2013; Zheng et al.RNA Biology2013)。相对于m6A去甲基化酶的发现,催化m6A形成以SAM为甲基供体的甲基转移酶复合物(~1000kDa)的发现进展缓慢,70-kDA METTL3(methyltransferase like 3)亚基是目前唯一已知组分。M6A甲基转移酶复合物各组分的发现和鉴定,对揭示RNA m6A甲基化表观转录组学功能和调控规律极其重要。 发现了M6A甲基转移酶复合物另外两个重要蛋白METTL14(methyltransferase like 14)和WTAP, METTL14、WTAP和METTL3在体内形成功能复合物,催化m6A形成。
    2012年,发现和鉴定了第二个m6A去甲基化酶-与FTO同属加双酶AlkB家族的ALKBH5,进一步证实了可逆m6A甲基化调控mRNA表达水平和RNA代谢过程;ALKBH5敲除小鼠生精小管细胞中mRNA的m6A甲基化水平升高,同时引起睾丸萎缩,精子数量减少,质量下降,生育率下降等病变,证实ALKBH5介导的RNA m6A去甲基化调控精子发育等重要生理功能。

    成长经历
    何川(chuan he),贵州出生,中国科技大学应用化学毕业(89级),2000年获得MIT博士学位。美国科学促进会会士(AAAS Fellow),美国芝加哥大学John T. Wilson讲座教授,美国霍华德休斯医学院(HHMI) 研究员。“未来科学大奖”发起人,科学委员会委员及生命科学奖评委,保罗.马克斯癌症研究奖获得者(2017)。主要从事化学生物学、核酸化学和生物学、遗传学等方面的研究。近年来在甲基化修饰,尤其是5hmC修饰等方面获得了许多重要的发现。曾荣获美国癌症研究青年科学家奖,以及凯克基金会医学研究杰出青年学者奖等多个奖项,HHMI研究员。

    科学家培养
    陈鹏(北大化学与分子工程学院 教授,国家杰青)、杨财广(中科院药物所PI,入选科技部中青年科技创新领军人才计划)、伊成器(北京大学研究员)、刘建钊(浙大高分子科学与工程学系研究员)、张俊良(华东师范大学化学与分子工程学院副院长)等。

    关联企业
    上海易毕恩基因科技有限公司
    美国Accent Therapeutics公司

    相关阅读
    个人简介 http://he-group.uchicago.edu/
    http://chemistry.uchicago.edu/fac/he.shtml
    https://chuansongme.com/n/1647019951231
    https://www.nature.com/articles/s41592-020-0797-9

  • 张运海

    张运海,男,理学博士,安徽农业大学教授、博士生导师、动物科技学院副院长,主要从事动物繁殖与生物技术应用基础研究;安徽省现代牛羊产业技术体系副首席专家兼功能室主任,安徽省学术与技术带头人后备人选,安徽青年科技奖获得者,兼任安徽省细胞生物学学会理事、安徽省畜牧兽医学会理事、中国畜牧兽医学会动物繁殖学分会理事;主持或参与完成国家级和省部级以上科研项目20余项;主持在研省级以上各类科研项目5项;我国首例体细胞克隆猪、国际首例手工克隆猪主创人之一。近5年来,公开发表研究论文200多篇,其中SCI论文100多篇,第一或通讯作者SCI论文30多篇,被引用频次900多次,H指数18;取得授权国家发明专利10余项。获国家科技进步奖二等奖1项、“神农中华农业科技奖”一等奖1项、安徽省科技一等奖1项、安徽省科技三等奖2项、安徽省教学成果二等奖1项;参与取得省级科技成果10多项。主持或参与完成教研项目3项,主持在研校级教研项目1项,参与国家级教研项目3项;指导校级大学生创新基金课题20余项(国家级3项,省级2项)。

    主要研究兴趣
    (1)家畜体细胞核移植(克隆)与转基因
    (2)体细胞重编程技术应用研究
    (3)体细胞重编程机制研究
    (4)牛羊高效繁殖技术研发、示范与推广

    代表性文章
    Dynamic reprogramming of 5-hydroxymethylcytosine during early porcine embryogenesis.Theriogenology.2014(2):496-508
    https://doi.org/10.1016/j.theriogenology.2013.10.025

    2016-2018年主要学术文章列表
    2018年
    (1)Cao, Z.B.#, Gao, D., Xu, T.T., Tong, X., Wang, Y.Q., Li, Y.S., Fang, F.G., Ding, J.P., Zhang, X.R., Zhang, Y.H., 2018. Human exhaled air can efficiently support in vitro maturation of porcine oocytes and subsequent early embryonic development. Anim. Reprod. 15, 29-38.(2)Li YS#, Liu X#, Chen Z, Song DD, Yang J, Zuo XY, Cao ZB, Liu Y, Zhang YH.(2018)Effect of Follistatin on Pre-Implantational Development of Pig Parthenogenetic Embryos. Animal Science Journal, 89(2):316-327.(3)Li X#, Zhang PF#, Jiang SS, Ding B, Zuo XY, Li YS, Cao ZB, Zhang YH.(2018)Aging adult porcine fibroblasts can support nuclear transfer and transcription factor-mediated reprogramming.Animal Science Journal, 89(2):289-297.
    2017年
    (1)Cao ZB#,Wu RH#,Gao D,Xu TT,Luo L,Li YS, Han JY,Zhang YH.(2017).Maternal histone acetyltransferase KAT8 is required for porcine preimplantation embryo development.Oncotarget,, 8 (52) :90250-90261.(2)Chen Z.#, Zuo X.#, Li H., Hong RY., Ding B., Liu CX., Gao D., Shang H., Cao ZB., Huang WP., Zhang XR., Zhang YH.(2017) Effects of melatonin on maturation, histone acetylation, autophagy of porcine oocytes and subsequent embryonic development. Animal science journal, DOI:10.1111/asj.12779
    (3)Ding B#, Cao ZB#, Hong RY, Li H, Zuo X, Luo L, Li YS, Huang WP, Li WY, Zhang K, Zhang YH.(2017) WDR5 in porcine preimplantation embryos: expression, regulation of epigenetic modifications and requirement for early development. Biology of Reproduction, doi: 10.1093/biolre/iox020
    (4)Gao XX.#, Ye J., Yang C., Zhang KF., Li XM., Luo L., Ding JP., Li YS., Cao HG., Ling YH., Zhang XR., Liu Y., Fang FG., Zhang YH..(2017) Screening and evaluating of long noncoding RNAs in the puberty of goats. Bmc Genomics 18. doi:10.1186/s12864-017-3578-9
    (5)Cao ZB.#, Hong RY.#, Ding B., Zuo XY., Li H., Ding JP., Li YS., Huang WP., Zhang YH.(2017) TSA and BIX-01294 Induced Normal DNA and Histone Methylation and Increased Protein Expression in Porcine Somatic Cell Nuclear Transfer Embryos. Plos One 12: e0169092. doi:10.1371/journal.pone.0169092(6)Wang ZF#, Liu CX#, Hong RY, Yang J, Li H, Li YS, Cao HG, Zhang YH, Cao ZB. (2017) Effect of histone deacetylase inhibitor romidepsin on the in vitro growth of foetal fibroblast cells and early development of porcinecloned embryos, Italian Journal of Animal Science, DOI: 10.1080/1828051X.2016.1277963
    (7)Tao J#, Zhang Y#, Zuo XY, Hong RY, Li H, Liu X, Huang WP, Cao ZB, Zhang YH. (2017) DOT1L inhibitor improves early development of porcine somatic cell nuclear transfer embryos. PLoS ONE 12(6): e0179436. https://doi.org/10.1371/journal.pone.01794362016年(1)Yao Q, Chen L, Liang Y, Sui L, Guo L, Zhou J, Fan K, Jing J, Zhang YH, Yao B. (2016) Blastomere removal from cleavage-stage mouse embryos alters placental function, which is associated with placental oxidative stress and inflammation. Scientific Reports, 6:25023.(2)Ling YH#, Guo XF, Chen T, Ding JP, Ma YH, Chu MX, Di R, Zhang YH, Zhang XR. (2016) Characterization and analysis of differentially expressed microRNAs in hircine ovaries during the follicular and luteal phases. Animal Reproduction Science,166:47-57(3)Yang C#, Ye J#, Li X, Gao XX, Zhang KF, Luo L, Ding JP, Zhang YH, Li YS, Cao HG, Ling YH, Zhang XR, Liu Y, Fang FG. (2016) DNA Methylation Patterns in the Hypothalamus of Female Pubertal Goats. PLoS ONE 11(10): e0165327. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0165327

    参考阅读
    https://www.researchgate.net/profile/Yunhai_Zhang3/contributions
    https://jsxx.ahau.edu.cn/jsxx_show.asp?ID=20051500

  • 易毕恩基因,与罗氏诊断、贝克曼库尔特建示范实验室181128

    易毕恩(EPN),全称上海易毕恩基因科技有限公司,2015年11月在上海注册成立,2017年全职29人。创始人何川,实际控制人不详,天使轮维亚生物投资,A轮引入同华资本投资,B轮引入红杉资本。主要提供5hmC开展肿瘤早筛技术服务。

    发展历程
    2011年6月,初代研究性产品授权美国Active Motif公司开发上市
    2014年6月,与美国芝加哥大学医学院及斯隆-凯特琳癌症中心完成老鼠模型测试
    2015年11月,公司团队落地上海张江,获得美国芝加哥大学全球独家授权临床产品开发,获得第一轮天使投资。
    2017年5月,承担科技部“十三五”“艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治”重大专项公司,同时引入B轮红杉投资
    2017年7月,首个利用表观遗传学的肝癌临床检测产品开发完成
    2018年2月,首个基于表观遗传学的多癌种液体活检筛查产品开发完成
    2018年,战略并购合肥中科金臻

    创始人
    何川,美国芝加哥大学化学系教授、John T.Wilson讲席教授、2013年入选美国霍华德休斯医学院(HHMI) 研究员,2017年荣获保罗.马克斯癌症研究奖。
    1994年,中国科技大学学士;2000年,MIT博士;2000-2002年,哈佛大学博士后;2002-2008年,芝加哥大学教授助理;2008-2010年,芝加哥大学副教授;2010年至今,芝加哥大学教授。
    学术相关 https://chemistry.uchicago.edu/faculty/chuan-he

    产品服务
    健康人群癌症早筛、临床癌症辅助诊断、术后癌症跟踪监测。

    专利情况
    国外专利 Compositions and Methods Related to Modi cation of 5-Hydroxymethylcytosine (5-hmC)
    CN201610119096.2 DNA5-甲基胞嘧啶与5-羟甲基胞嘧啶基因图谱测序方法
    CN201610119392.2 微量DNA 中甲基化CpG 岛高通量测序方法
    CN201710020252.4 用于筛选肠癌和/或胃癌的基因标志物的方法、用该方法筛选的基因标志物及其用途

    企业合作
    2018年11月28日,公司与罗氏诊断、贝克曼库尔特在上海共同举办“表观遗传学肿瘤早筛领域临床转化高峰论坛”并进行“贝克曼库尔特-易毕恩-罗氏诊断示范实验室”揭牌仪式,宣布示范实验室落地张江高新技术产业开发区青浦园区。

    相关阅读
    http://www.epican.cn/
    Song, C.-X.; Szulwach, K. E.; Fu, Y.; Dai, Q.; Yi, C.; Li, X.; Chen, C.-H.; Zhang, W.; Jian, X.; Wang,J.; Zhang, L.; Looney, T. J.; Zhang, B.; Godley, L. A.; Hicks, L. M.; Lahn, B. T.; Jin, P.; He, C. “Selective chemical labeling reveals the genome-wide distribution of 5-hydroxymethylcytosine” Nat. Biotechnol. 2011, 29, 68-72.