分类： 技术方法

  • 肖传乐，一种通用6mA和5mC检测方法创建190604

    人物简介
    肖传乐，生物信息学博士，中山大学中山眼科中心副研究员，长期从事三代测序关键计算方法开发及应用研究。先后合作开发了PacBio快速组装方法（MECAT），Nanopore组装方法（NECAT）和Nanopore表观修饰检测方法（DeepMod）。本人以第一和通讯作者在Nature Methods，Molecular Cell和Nature Communications等杂志上发表SCI论文二十余篇。

    科研进展
    2019年6月4日，肖传乐与美国宾夕法尼亚大学王凯副教授联合发表了一项研究成果，该研究为Nanopore应用于表观修饰领域提供了重要的软件工具—DeepMod，首次将5mC的准确率提高到99%，实现了5mC的精准检测；首次建立了原核和真核通用6mA和5mC检测方法；并建立了首个Nanopore真核生物6mA修饰标准集。

    参考阅读
    http://www.seqchina.cn/9805.html

  • CancerSEEK技术，基于此的Thrive创立并完成1.1亿美元融资190531

    CancerSEEK is a unique noninvasive, multi-analyte blood test that detects and localizes eight common cancer types. This material relates to a paper that appeared in the Jan. 19, 2018 issue of Science, published by AAAS. The paper, by J.D. Cohen at Johns Hopkins University School of Medicine in Baltimore, MD, and colleagues was titled, “Detection and localization of surgically resectable cancers with a multi-analyte blood test.”Illustration by Elizabeth Cook and Kaitlin Lindsay

    CancerSEEK技术通过对循环肿瘤DNA（ctDNA）中的基因组突变和血浆中与癌症相关的蛋白标志物进行分析，发现8种不同癌症类型中的共同特征。美国约翰霍普金斯大学的科学家于2018年2月23日在Science发表了研究显示，CancerSEEK能对16个癌症基因突变及10种循环中的蛋白标记浓度进行评估。他们对1005名已被诊断罹患8种常见类型癌症的I-III期患者以及850名健康对照者进行了研究；他们发现，CancerSEEK检测到癌症的敏感性为69-98%，结果取决于癌症类型。该测试的特异性为99%，这意味着健康人出现假阳性结果的可能性非常低。在某些情况下，该检验还能提供癌症组织来源的信息，在过去要做到这一点颇为困难。Cohen和同事所研究的病人已经基于疾病症状而被确诊罹患转移前癌症。CancerSEEK的终极目标是更早发现癌症，即在疾病出现症状之前发现癌症。研究人员估计，这种可检测8种癌症的单一血液检测的成本可能低于500美元，这与目前筛检单一类型癌症的检测（如筛检结肠癌的结肠镜检查）费用相当或更低。

    基于该技术开发的液体活检产品已经获得美国FDA授予的突破性医疗器械认定，用于发现于胰腺癌和卵巢癌相关的基因突变和蛋白生物标志物。目前，它在包含1万名健康志愿者，名为DETECT的前瞻性研究中接受检验。Thrive公司计划进行更多临床试验，获得数据支持监管批准和其它推广活动。

    2019年5月31日，Thrive Earlier Detection公司创立即宣布完成1.1亿美元的A轮融资。该公司核心基于CancerSEEK技术开发，致力于将癌症早期诊断整合到常规医疗护理中去。

    信息源
    https://thrivedetect.com/
    https://www.businesswire.com/news/home/20190530005186/en/Thrive-Launches-110-Million-Series-Financing-Integrate
    https://eorder.sheridan.com/3_0/app/orders/8438/article.php
    https://med.sina.com/article_detail_100_2_66650.html
    药明康德微信2019年5月31日推送内容
    https://www.eurekalert.org/pub_releases_ml/2018-01/aaft-q_1011618.php

  • DELFI方法，一种新液态活检技术定位癌症发生处190529

    DELFI方法（DNA evaluation of fragments for early interception，DNA片段的早期评估方法）是美国约翰霍普金斯医学院Kimmel癌症中心的研究人员开发出了一种简单的血液检测新方法，通过分析癌细胞脱落的DNA碎片中独特的模式，可以检测出7种不同类型癌症的存在。2019年5月29日，Nature文章发表了该技术进展。

    研究样本
    收集了来自208名美国、丹麦和荷兰地区，患有不同阶段乳腺癌、结肠直肠癌、肺癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌或胆管癌患者的血液样本的cfDNA。具体包括54名乳腺癌患者，27名结肠直肠癌患者，12名肺癌患者，28名卵巢癌患者，34名胰腺癌患者，27名胃癌患者和26名胆管癌患者，进行了低覆盖率的全基因组测序。另外分析215名健康个体的cfDNA。

    主要结论
    患癌患者样本的57％至99％以上的血液样本中的癌症DNA的存在
    DELFI方法在215名健康人的血液样本测试中检测表现，仅在4例病例中错误识别癌症。
    DELFI采用了一种AI识别癌症患者血液中DNA片段的异常模式。通过研究这些模式，可以在高达75％的病例中识别癌症的起源组织。
    使用DELFI，研究人员发现癌症患者和健康个体之间的全基因组cfDNA片段化分布不同。 在癌症患者中，cfDNA中的碎片模式似乎是由血液和肿瘤细胞释放的DNA混合物引起的，显示出多种不同的基因组差异。
    健康个体具有相似的碎片特征，而患有癌症的患者具有更多可变的碎片特征，不太可能匹配健康的特征。

    特别之处

    DELFI方法示意图（图片来源于Nature）

    区别于通常液态活检检测血液中突变的DNA片段或甲基化水平，DELFI分析血液中基因组不同区域DNA的大小和数量，研究DNA被包装在细胞核内的方式。
    健康细胞的细胞核将DNA包装成一个组织良好的“行李箱”，其中基因组的不同区域被小心地放置在不同的隔间中。相比之下，癌细胞的细胞核更像是杂乱无章的“手提箱”，整个基因组中的“物品”被随意摆放。当癌症基因组在包装方式上变得杂乱无章，这意味着当癌细胞死亡时，它们会以混乱的方式将DNA释放到血液中，通过检查cfDNA，DELFI根据包装方式检测基因组不同区域的DNA大小和数量异常，帮助确定癌症的存在。

    主要价值
    DELFI方法有望明确指出癌症的来源，例如来自乳腺癌，结肠癌或肺癌。
    DELFI方法易于管理，简单廉价更具成本效益。

    信息源
    https://www.nature.com/articles/s41586-019-1272-6
    http://github.com/Cancer-Genomics/delfi_scripts
    http://www.ebiotrade.com/newsf/2019-5/2019529172739825.htm