分类： 基因检测

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  • DELFI方法，一种新液态活检技术定位癌症发生处190529

    DELFI方法（DNA evaluation of fragments for early interception，DNA片段的早期评估方法）是美国约翰霍普金斯医学院Kimmel癌症中心的研究人员开发出了一种简单的血液检测新方法，通过分析癌细胞脱落的DNA碎片中独特的模式，可以检测出7种不同类型癌症的存在。2019年5月29日，Nature文章发表了该技术进展。

    研究样本
    收集了来自208名美国、丹麦和荷兰地区，患有不同阶段乳腺癌、结肠直肠癌、肺癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌或胆管癌患者的血液样本的cfDNA。具体包括54名乳腺癌患者，27名结肠直肠癌患者，12名肺癌患者，28名卵巢癌患者，34名胰腺癌患者，27名胃癌患者和26名胆管癌患者，进行了低覆盖率的全基因组测序。另外分析215名健康个体的cfDNA。

    主要结论
    患癌患者样本的57％至99％以上的血液样本中的癌症DNA的存在
    DELFI方法在215名健康人的血液样本测试中检测表现，仅在4例病例中错误识别癌症。
    DELFI采用了一种AI识别癌症患者血液中DNA片段的异常模式。通过研究这些模式，可以在高达75％的病例中识别癌症的起源组织。
    使用DELFI，研究人员发现癌症患者和健康个体之间的全基因组cfDNA片段化分布不同。 在癌症患者中，cfDNA中的碎片模式似乎是由血液和肿瘤细胞释放的DNA混合物引起的，显示出多种不同的基因组差异。
    健康个体具有相似的碎片特征，而患有癌症的患者具有更多可变的碎片特征，不太可能匹配健康的特征。

    特别之处

    DELFI方法示意图（图片来源于Nature）

    区别于通常液态活检检测血液中突变的DNA片段或甲基化水平，DELFI分析血液中基因组不同区域DNA的大小和数量，研究DNA被包装在细胞核内的方式。
    健康细胞的细胞核将DNA包装成一个组织良好的“行李箱”，其中基因组的不同区域被小心地放置在不同的隔间中。相比之下，癌细胞的细胞核更像是杂乱无章的“手提箱”，整个基因组中的“物品”被随意摆放。当癌症基因组在包装方式上变得杂乱无章，这意味着当癌细胞死亡时，它们会以混乱的方式将DNA释放到血液中，通过检查cfDNA，DELFI根据包装方式检测基因组不同区域的DNA大小和数量异常，帮助确定癌症的存在。

    主要价值
    DELFI方法有望明确指出癌症的来源，例如来自乳腺癌，结肠癌或肺癌。
    DELFI方法易于管理，简单廉价更具成本效益。

    信息源
    https://www.nature.com/articles/s41586-019-1272-6
    http://github.com/Cancer-Genomics/delfi_scripts
    http://www.ebiotrade.com/newsf/2019-5/2019529172739825.htm

  • 汇健科技，华大旗下奇迹之光领投、岩木草投资跟投1902

    汇健科技，全称杭州汇健科技有限公司，是一家医疗器械研发型公司。公司于2016年11月17日在杭州滨江成立，由邬建敏创立，2017年底全职人员8人，资产总额222.2万元，营业收入4.7万元（工商2017年年报）。

    企业融资
    2016年，公司获得杭州蓝智投资天使轮融资；
    2018年7月，公司获得芜湖福健A轮融资；
    2019年2月，公司完成由华大旗下奇迹之光基金领投、岩木草投资跟投的Pre A轮投资，本轮融资将重点用于产品研发、肿瘤样本数据库及生产基地建设。

    管理团队
    邬建敏，创始人，硕士期间开始从事生物传感器方面的技术研究，应用领域也是医疗诊断方面。博士期间攻读了环境生物学方向的博士学位。2007-08年，美国加州大学圣地亚哥分校（UCSD）高级访问学者，期间接触到了半导体纳米材料技术，归国后开始展开相应的研究，尝试将半导体纳米材料技术与质谱技术结合在一起，并应用于临床诊断。
    任亮，总经理，分子生物学研究生学历，主管运营。在加入汇健科技之前，任亮先后在生物医药企业和投资机构积累了多年的工作经验。
    余捷凯，博士，副总，主管医学与生信，曾在浙大医学院肿瘤研究所工作。
    栾春燕，香港城市大学材料学专业博士，主管汇健科技的研发部工作。

    技术思路
    利用质谱技术开展多类型靶标检测，汇健科技研发耗材及芯片+分析软件扩展了MALDI-TOF的临床应用场景。
    对标公司美国的biodesix，该公司开发的其中一款肺癌检测产品（Biodesix Lung Reflex），借助质谱来同时检测血液中多个多肽标志物。
    液体活检在肿瘤检测应用，主要通过检测血液中的CTC（循环肿瘤细胞）和ctDNA（循环肿瘤DNA）来对肿瘤的分子分型和发展状况进行判断。质谱技术的特点在于它是一种多组学技术，可以用于检测核酸、多肽、细胞代谢物等多种不同的检测靶标。将质谱技术应用于液体活检，最大的优势在于可以对病症进行多靶标同时检测。

    基于纳米材料+液态火箭的质谱分析流程

    其中所使用的质谱技术平台是MALDI-TOF-MS（基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱），早在1975年，质谱技术就已经用于细菌鉴定，1996年通过MALDI-TOF-MS获得了细菌的全部指纹图谱。目前MALDI-TOF-MS主要作为细菌等微生物鉴定和基因分型的工具，其中该类型的仪器在微生物检测方面已经进入了临床检验科室。基因检测方面，对SNP检测优势在于检测准确性高，通量高，一个反应可检测30个位点，检测时间短；在DNA甲基化定量检测方面，MALDI-TOF的优势在于准确性高，检测片段覆盖较长，可达400-600bp，成本低。除此以外，MALDI-TOF也可以用于临床方面检测，例如耳聋基因检测、HPV基因检测、个体化用药基因检测以及疾病预警基因检测。该技术成像存在不足：主要在边缘电场效应造成整靶板电场的非均一性、成像速度耗时较长、空间分辨率有限、灵敏度有限。

    产品思路
    其主打产品是用于质谱液体活检的血清肽谱检测试剂盒及分析软件。该试剂盒内的Bio-pSi纳米芯片捕获的主要目标是血液中的多肽。这些多肽一般分子量在20KD以下，比血浆中的背景蛋白要小得多而且丰度极低。如肿瘤进展中，往往伴随着蛋白酶（如MMPs等）表达的变化。而蛋白酶的核心功能就是降解细胞内外环境中的各种蛋白成分。因此由疾病引起的蛋白酶表达情况变化势必会影响血液中的多肽组成。
    Bio-pSi纳米颗粒能从复杂的血清样本中富集低丰度的肽类物质，捕获到纳米孔道当中的多肽分子可以很容易地被浓缩富集，并且能够有效地防止肽段被血液中的蛋白酶降解。随后，在MALDI-TOF-MS平台上使用公司的颗粒原位质谱检测（OPMD）技术可实现血清肽谱的快速分析。结合特征质谱峰及人工神经网络软件生成的预测模型，可实现肿瘤的诊断，复发转移监测及药物疗效评价。

    可能的竞争优势
    市场对高性价比国产MALDI-TOF质谱仪器设备的需求；
    材料技术+MALDI-TOF-MS的多技术组合及人才配套。

    相关资料来源
    国家企业信用信息公示系统
    https://www.sohu.com/a/294737243_115035
    https://www.biodesix.com/
    http://www.kepu.gov.cn/www/article/dtxw/f3babc7092184119b1dfd4631932e95c
    https://vcbeat.net/ZWUwMGZmMGJkYTk2NGVkNjE0N2VhMjQyNzc5MmE3Y2Y=
    http://www.well-healthcare.com/

  • 张凌，离职华大任摩根大通医疗卫生投行业务主管190102

    张凌，1973年出生，中国国籍，有香港居留权。
    2002年7月加入中国国际金融有限公司(中金公司)，担任投资银行部副总裁；
    2007年5月加入花旗集团，担任花旗环球金融亚洲有限公司董事总经理；
    2015年5月加入摩根大通银行，担任摩根大通证券（亚太）有限公司董事总经理、中国医疗投资银行主管。
    2015年10月，张凌从投行高管位置进入华大基因高层，出任首席运营官。
    2018年12月28日，华大基因首席运营官张凌提交书面辞职报告，因个人原因申请辞去公司首席运营官职务，辞职后不在公司担任任何职务。其作为华大基因高管原定任期于2021年6月18日截止。
    2019年1月，摩根大通重新聘用张凌，担任医疗卫生投行业务主管。

    参考阅读
    https://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_2791761
    http://chuangkr.china.com.cn/newsflash/151437