分类: 技术方法

  • MP-IPS技术

    传统的局限
    动物活体的生物自发光断层成像(Bioluminescence Tomography)重建存在精度较差的挑战。生物自发光断层成像可以高特异性、定量可视化荷瘤动物体内肿瘤细胞的三维分布,是在活体动物上开展肿瘤基础研究的一项重要影像学工具。然而,由于光子在生物体内具有非均匀化的高散射和高吸收的物理特性,通过探测动物体表的发光光斑来逆向重建出生物体内的光源位置(即肿瘤位置),是一项极具挑战性的工作。
    传统方法是通过构建扩散近似方程来描述光子在生物体内的传播过程,再通过逆向求解该方程获取光源在动物体内的三维分布,即所谓的前向模型和逆向求解。这一方法具有两大局限:前向模型难以精确描述光子在生物体内的传播,有误差;逆向求解的方程具有严重的病态性,也会带来误差。两种误差叠加在一起具有放大效果,最终导致光学断层成像对于动物体内肿瘤的三维定位具有数百微米到1毫米的误差。这显着限制了科研人员对于早期微小肿瘤的检测和研究。

    技术价值
    MP-IPS技术将传统方法的百微米级误差缩小到了十微米级。该项研究揭示了人工智能在提高生物医学成像的成像精度上,具有显着的优越性和应用潜力,为疾病动物模型乃至临床患者的影像学研究提供了全新的思路。
    基于机器学习的人工智能重建:完全舍弃构建前向模型去描述光子在生物体内的传播,通过构建大量的仿真数据集,在仿真数据上确定动物体表的光斑和体内的光源,再通过该数据集训练计算机智能化学习体表光斑和体内光源的非线性关系,从而构建出适用于生物自发光断层成像的人工智能模型,最终三维重建活体动物荷瘤模型内的肿瘤三维分布。这一方法直接避免了传统方法的前向模型误差和逆向求解误差,因此有望显著提高成像精度。

    技术流程
    基于这一新型思路,通过自主研发的MOSE光学仿真平台,提出一种新型的仿真数据构建方法,人工构建了近8000例原位脑胶质瘤荷瘤小鼠;并基于这一数据库,构建了一种新型的机器学习方法。研究人员把该仿真数据构建加机器学习重建的策略统一称之为MP-IPS方法(Multilayer Perceptron-based Inverse Problem Simulation)。在人工智能模型通过该方法训练和构建完成后,研究团队构建了数十只原位脑胶质瘤荷瘤小鼠的动物模型,并对该批动物分别进行了CT-MRI-光学三个成像模态的图像扫描。通过MP-ips方法和传统方法,分别对每只小鼠进行了生物自发光断层成像的三维可视化重建。最终结果表明,新型人工智能方法对于脑胶质瘤的三维定位误差均小于80微米,而传统方法的定位误差为350微米以上。

    研发团队
    中科院分子影像重点实验室团队。相关研究发表于Optica 期刊2018年第5卷第11期,中科院分子影像重点实验室的高源和王坤为并列第一作者。

  • DNA纳米折纸术,纳米机器人|颜颢|2018年度科技进步

    DNA纳米折纸术是一种独特的自下而上构建DNA自组装纳米结构的方法。它是对DNA链进行折叠的一种技术。 作为一种精确高效的DNA自组装方法,DNA纳米折纸术可用于光学材料的精确可控制备、药物与基因靶向递送等诸多领域。

    美国《科学》期刊将该工作与同性繁殖、液体活检、人工智能一起,评选为2018年度世界四大技术进步。被The Scientist评为“2018年度科技进步” 。

    基本原理
    DNA可以按需求被折叠、粘贴,与它独特的双螺旋结构、碱基互补原则直接相关。碱基互补可以是DNA单链找到互补链,进入组成目标的形状。
    DNA纳米折纸术是以一条长单链DNA(通常是一条噬菌体的基因组DNA)为模板,在数百条短单链DNA(折叠链)的辅助下,通过核酸序列杂交形成预先设计的具有特定尺寸和形貌的二维或三维纳米结构。

    设计流程
    DNA纳米折纸术是分子自组装技术的一个典型范例,代表了人类借助自然进化的力量(DNA分子),实现了接近随心所欲的纳米尺度的3D打印。
    1)通过程序化软件进行序列设计;
    2)DNA混合进行退火杂交;
    3)DNA功能化修饰和纯化等

    应用案例
    利用DNA纳米折纸术创建了多种结构,静止结构如二维和三维晶体结构、毫微管、多面体和其他造型;功能结构如纳米机器、DNA计算机、药物载体等。
    DNA纳米折纸术在国内蓬勃发展,被广泛应用于纳米制造、纳电子和纳光子学、生物传感与纳米药物等领域。特别是在生物医药领域,DNA纳米折纸术更是提供了前所未有的精度来控制纳米药物的组装、控释和靶向。
    丁宝全课题组此次的研究成果主要是利用DNA折纸结构为载体高效且可控地实现了化疗药物阿霉素和线性小发卡RNA转录模板的共传递,通过RNA干扰的机制,有效地下调多个肿瘤耐药相关蛋白的表达,完成了化疗和基因治疗的联合给药。
    “小鼠活体实验结果表明,该类DNA纳米给药体系表现出非常好的肿瘤靶向性和生物相容性,能够对耐药性乳腺癌肿瘤模型产生显著的治疗效果。”丁宝全表示,该研究基于生物系统的天然核酸结构,实现了对肿瘤的协同治疗,扩展了基因治疗的研究思路和可应用的领域。
    2018年2月,Nature Biotechnology的一篇文章中, 亚利桑那州立大学的颜颢等基于自组装的 DNA 折纸技术,构造了携带凝血酶的纳米机器人系统。当这些纳米机器人遇到肿瘤特异蛋白时,就会释放凝血酶,通过选择性地切断血液供应来“饿死”肿瘤。该技术已成功使小鼠的乳腺肿瘤缩小,通过合理设计携带各种药物的不同纳米机器人组合或将有助于癌症治疗。

    技术难点
    制备成本高、稳定性差。
    钱璐璐团队开发了一款软件可以根据输入的图像设计一张DNA画布。画布由不同的DNA折纸组合而成,而每一块DNA折纸都需要精确设计。

    相关阅读
    折叠DNA有望精准制备纳米材料
    http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2018/11/419953.shtm
    https://www.nature.com/articles/nbt.4071

  • cfMeDIP-seq,一种高灵敏度地检测cfDNA的甲基化特征的技术

    cfDNA是肿瘤早筛的研究对象重要突破口,但cfDNA数量有限,敏感度低。

    2018年11月15日,Nature发表了一项液体活检最新成果。来自加拿大玛格丽特公主癌症中心及多伦多大学的研究团队开发了一种基于免疫共沉淀的新型高通量cfDNA甲基化测序技术,名为甲基化cfDNA免疫共沉淀测序(cfMeDIP-seq)。该技术仅需几纳克DNA就能高灵敏度地检测cfDNA的甲基化特征,帮助研究人员早期发现癌症,还能鉴别不同癌症类型特有的DNA甲基化特征。
    为了突破现有血液检测技术的限制,玛格丽特公主癌症中心Daniel De Carvalho博士团队用免疫共沉淀技术与高通量测序结合,通过对cfDNA中的甲基化DNA片段(富含CpG区域)进行特异性富集,以此提高检测效率,开发了分析低水平甲基化DNA的cfMeDIP-seq技术。

    事实上,该研究团队并不是唯一一个研究早期癌症甲基化检测或其他表观遗传变化的团队,该领域的很多商业化公司也将甲基化检测纳入了研究范畴,如国际上Grail、Freenome,国内鹍远基因、泛生子、世和基因、燃石等NGS主流公司。但由于血浆cfDNA的丰度较低并且碎片化程度较高,相关检测研究仍存在较大的挑战。虽然有科学家尝试利用WGBS进行甲基化的检测,但遗憾的是亚硫酸盐转换会导致约84-96%的DNA损伤和降解,并且在成本、信息覆盖和检测效率方面并不尽如人意。

    更多阅读
    Nature重磅发布新型甲基化检测技术!仅需几纳克DNA就可检测早期癌症
    http://www.seqchina.cn/8499.html
    Sensitive tumour detection and classification using plasma cell-free DNA methylomes
    https://www.nature.com/articles/s41586-018-0703-0