成果报道
2023年11月，瞿昆课题组成功开发了一种基于深度学习的空间转录组数据分析算法，命名为SPACEL。该算法能够快速高效地处理多个空间转录组切片数据，包括准确预测单个空间点内的细胞类型组成、精准识别跨切片的功能性空间域，以及有效重构复杂组织的三维结构。研究成果以《SPACEL: deep learning-based characterization of spatial transcriptome architectures》为题，发表于2023年11月22日的《自然-通讯》(Nature Communications)杂志。
2022年11月，课题组在Nature Methods发表新成果，通过设计一整套分析流程，系统性评估了16种空间转录组和单细胞转录组数据整合算法在预测基因或细胞类型空间分布方面的性能。该研究工作总结了16种整合种算法的属性、性能、适用性以及高效算法的优势，为研究人员进一步提升算法性能提供了参考。此外，该研究在github上提供了整合空间转录组和单细胞转录组数据的分析流程，为研究人员提供了数据处理的分析工具。
2019年底，研发团队先后于Genome Biology、Genome Research杂发表两项重要非编码RNA研究成果，为深入解析非编码RNA生物学意义，探索其对基因表达的调控机制及与人类健康的密切关系带来了新的进展。
个人简介
瞿昆，男，博士，中国科学技术大学生命科学与医学部教授、博士生导师、国家杰出青年基金获得者。长期致力于通过生命科学与医学、化学、数学和计算机科学的交叉融合，发展新型基因组学测序技术和生物大数据分析算法和软件，为解决生物医学领域的复杂问题提供获取和分析数据的工具；同时利用已有和原创的工具，通过与医学的交叉融合，系统性研究新冠肺炎、肿瘤、自身免疫病等重大疾病的免疫学致病机理。在Nature、Nature Methods、Cell、Cancer Cell等学术期刊上共发表论文60余篇，Google学术引用超过8000次，总影响因子超过1000，H-index 36。
科研项目
单细胞组学研究反复流产患者脱膜免疫微环境紊乱机制（2020年1月-2023年12月），国家自然基金委面上项目科研项目；
T细胞淋巴瘤的表观遗传调控（2018-2021年）;
包硅镍钴合金纳米颗粒通过核磁共振成像及抑制炎症小体激活实现肿瘤诊疗一体（2019-2022年）
学习经历
1999-2004年中国科学技术大学化学物理系，获学士学位
2004-2010年美国印第安纳大学化学系，获物理化学博士学位
工作经历
2009-2010年美国希望之城，贝克曼癌症研究中心，生物信息学专家
2010-2016年美国斯坦福大学医学院，生物信息高级研究员，中心主任
2016年至今中国科学技术大学生命科学学院，教授，博士生导师
2019.07-2020.07: 中国科学技术大学国际合作与交流部副部长（主持工作）
2018.12-至今: 中国科学技术大学附属第一医院，教授，博士生导师
2018.03-至今: 中国科学技术大学大数据学院，教授，博士生导师
2016.06-至今: 中国科学技术大学生命科学与医学部，教授，博士生导师
2020.08-至今: 中国科学技术大学国际合作与交流部部长
2021.06-至今: 中国科学技术大学港澳台办公室主任
荣誉记录
中科院人才计划终期评估优秀 2020
生命学院学术职业发展奖 2020
中科院分子细胞科学卓越创新中心 2017、
生命学院学术成果奖 2017
生命学院杰出论文研究奖 2017
海外高层次人才引进青年项目 2016
ORISE Fellowship 2007
科研方向
（1）方法发展：创新开发超高通量单细胞多组学、空间单细胞谱学、超分辨与功能成像等新技术；发展新的，整合单细胞多组学和空间谱学等数据的分析算法、软件、数据库，为系统性研究重大疾病的致病机理和演化规律提供新的工具。
（2）应用研究：利用这些工具，构建肿瘤微环境单细胞时空转录图谱和时空表观遗传图谱，揭示微环境中多种细胞的异质性及其演变的时空组织规律，发现调控肿瘤发生发展的新靶点、新机制，探索全新有效的临床治疗方案。
代表性学术论文：（*共同一作, #共同通讯）
1. Xianwen Ren*, Wen Wen*, Xiaoying Fan*, Wenhong Hou*, Bin Su*, Pengfei Cai*, Jiesheng Li*, Yang Liu*, Fei Tang*, Fan Zhang*, Yu Yang*, Jiangping He*, Wenji Ma*, Jingjing He*, Pingping Wang*, et al, Penghui Zhou#, Qinghua Jiang#, Zhiwei Huang#, Jin-Xin Bei#, Lai Wei#, Xiu-Wu Bian#, Xindong Liu#, Tao Cheng#, Xiangpan Li#, Pingsen Zhao#, Fu-Sheng Wang#, Hongyang Wang#, Bing Su#, Zheng Zhang#, Kun Qu#, Xiaoqun Wang#, Jiekai Chen#, Ronghua Jin#, Zemin Zhang# “COVID-19 immune features revealed by a large-scale single cell transcriptome atlas ”, Cell , 2021.
2. Dandan Zong*, Beibei Huang*, Young Li#, Yichen Lu, Nan Xiang, Chuang Guo, Qian Liu, Qing Sha, Pengcheng Du, Qiaoni Yu, Wen Zhang, Pengfei Cai, Yanping Sun, Jinhui Tao, Xiaomei Li#, Shanbao Cai#, Kun Qu# “Chromatin accessibility landscapes of immune cells in rheumatoid arthritis nominate monocytes in disease pathogenesis”, BMC Biology, 2021.
3. Yinlei Hu*, Bin Li*, Wen Zhang, Nianping Liu, Pengfei Cai, Falai Chen#, Kun Qu# “WEDGE: imputation of gene expression values from single-cell RNA-seq datasets using biased matrix decomposition”, Briefings in Bioinformatics, 2021.
4. Young Li*, Kun Li*, Lianbang Zhu, Bin Li, Dandan Zong, Pengfei Cai, Chen Jiang, Pengcheng Du, Jun Lin, Kun Qu# “Development of double-positive thymocytes at single-cell resolution”, Genome Medicine, 2021.
5. Chuang Guo*, Pengfei Cai*, Liying Jin*, Qing Sha, Qiaoni Yu, Wen Zhang, Chen Jiang, Qian Liu, Dandan Zong, Kun Li, Jingwen Fang, Fangting Lu, Yanshi Wang, Daojing Li, Jun Lin, Lu Li, Zhutian Zeng, Xianhong Tong, Haiming Wei, Kun Qu# “Single-cell profiling of the human decidual immune microenvironment in patients with recurrent pregnancy loss”, Cell Discovery, 2021.
6. Qian Liu*, Lisa C. Zaba*, Ansuman T. Satpathy, Michelle Longmire, Wen Zhang, Kun Li, Jeffrey Granja, Chuang Guo, Jun Lin, Rui Li, Karen Tolentino, Gabriela Kania, Oliver Distler, David Fiorentino, Lorinda Chung, Kun Qu# & Howard Y. Chang# “Chromatin accessibility landscapes of skin cells in systemic sclerosis nominate dendritic cells in disease pathogenesis”, Nature Communications, 2020.
7. Chuang Guo*, Bin Li*, Huan Ma, Xiaofang Wang, Pengfei Cai, Qiaoni Yu, Lin Zhu, Liying Jin, Chen Jiang, Jingwen Fang, Qian Liu, Dandan Zong, Wen Zhang, Yichen Lu, Kun Li, Xuyuan Gao, Binqing Fu, Lianxin Liu, Xiaoling Ma, Jianping Weng, Haiming Wei, Tengchuan Jin#, Jun Lin# & Kun Qu# “Single-cell analysis of two severe COVID-19 patients reveals a monocyte-associated and tocilizumab-responding cytokine storm”, Nature Communications, 2020.
8. Bin Li*, Young Li*, Kun Li, Lianbang Zhu, Qiaoni Yu, Pengfei Cai, Jingwen Fang, Wen Zhang, Pengcheng Du, Chen Jiang, Jun Lin & Kun Qu# “APEC: an accesson-based method for single-cell chromatin accessibility analysis”, Genome Biology, 2020.
9. Haohuan Xie*, Wen Zhang*, Mei Zhang*#, Tasneem Akhtar, Young Li, Wenyang Yi, Xiao Sun, Zuqi Zuo, Min Wei, Xin Fang, Ziqin Yao, Kai Dong, Suijuan Zhong, Qiang Liu, Yong Shen, Qian Wu, Xiaoqun Wang, Huan Zhao, Jin Bao, Kun Qu# & Tian Xue# “Chromatin accessibility analysis reveals regulatory dynamics of developing human retina and hiPSC-derived retinal organoids”, Science Advances, 2020.
10. Pengfei Cai*, Auke B.C. Otten*, Binbin Cheng, Mitsuhiro A. Ishii, Wen Zhang, Beibei Huang, Kun Qu#, Bryan K. Sun# “A genome-wide long noncoding RNA CRISPRi screen identifies PRANCR as a novel regulator of epidermal homeostasis”, Genome Research, 2020.
11. Jingwen Fang*, Qing Ma*, Ci Chu, Beibei Huang, Lingjie Li, Pengfei Cai, Pedro J. Batista, Karen Erisse Martin Tolentino, Jin Xu, Rui Li, Pengcheng Du, Kun Qu#, Howard Y. Chang# “Functional classification of noncoding RNAs associated with distinct histone modifications by PIRCh-seq”, Genome Biology, 2019.
12. Kun Qu*, Lisa C. Zaba*, Ansuman T. Satpathy, Paul G. Giresi, Rui Li, Yonghao Jin, Randall Armstrong, Chen Jin, Nathalie Schmitt, Ziba Rahbar, Hideki Ueno, William J. Greenleaf, Youn H. Kim#, Howard Y. Chang# “Chromatin accessibility landscape of cutaneous T cell lymphoma and dynamic response to HDAC inhibitors”, Cancer Cell, 2017.
13. Kun Qu*, Sara Garamszegi*, Felix Wu*, Helga Thorvaldsdottir, Ted Liefeld, Marco Ocana, Diego Borges-Rivera, Nathalie Pochet, James T Robinson, Barry Demchak, Tim Hull, Gil Ben-Artzi, Daniel Blankenberg, Galt P Barber, Brian T Lee, Robert M Kuhn, Anton Nekrutenko, Eran Segal, Trey Ideker, Michael Reich, Aviv Regev, Howard Y. Chang, Jill P Mesirov# “Integrative genomic analysis by interoperation of bioinformatics tools in GenomeSpace”, Nature Methods, 2016.
14. Kun Qu*, Lisa C. Zaba*, Paul G. Giresi, Rui Li, Michelle Longmire, Youn H. Kim, William J. Greenleaf, Howard Y. Chang# “Individuality and variation of personal regulomes in primary human T cells”, Cell Systems, 2015.
15. Yue Wan*#, Kun Qu*, Qiangfeng Cliff Zhang, Ryan A. Flynn1, Ohad Manor, Zhengqing Ouyang, Jiajing Zhang ,Robert C. Spitale, Michael P. Snyder, Eran Segal, Howard Y. Chang# “Landscape and variation of RNA secondary structure across the human transcriptome”, Nature, 2014.
参考阅读
http://jcyx.ustc.edu.cn/2021/0825/c24419a520691/page.htm
https://www.nature.com/articles/s41467-023-43220-3
Google学术页面:http://scholar.google.com/citations?hl=en&user=2CdOi4EAAAAJ
实验室网页：http://qulab.ustc.edu.cn/
ResearcherID: http://www.researcherid.com/rid/G-3359-2012
http://www.hfnl.ustc.edu.cn/detail?id=11368
https://biox.ustc.edu.cn/2016/0221/c699a11097/page.htm
http://jcyx.ustc.edu.cn/2021/0825/c24419a520691/page.htm